وفيما يلي المراحل التي مر بها المتحف وصولا إلى افتتاحه الرسمي في الأول من نوفمبر:
- وضع الرئيس المصري الأسبق محمد حسني مبارك حجر أساس المشروع في فبراير 2002 بالقرب من أهرامات الجيزة بعد إجراء الدراسات الأولية وأطلقت مصر في العام ذاته مسابقة معمارية دولية لأفضل تصميم للمتحف تحت رعاية منظمة الأمم المتحدة للتربية والعلم والثقافة (اليونسكو) والاتحاد الدولي للمهندسين المعماريين.
- في يونيو 2003 فاز بالمسابقة تصميم مقدم من مكتب استشاري صيني أيرلندي يتخذ من دبلن مقرا، والذي اعتمد على أن تمثل أشعة الشمس الممتدة من قمم الأهرامات الثلاثة عند التقائها كتلة مخروطية هي المتحف المصري الكبير، كما يبدو المتحف نفسه من منظور رأسي على شكل هرم رابع.
- بدأت بعد ذلك عمليات التمهيد وإزالة العوائق الطبيعية واستمرت نحو ثلاث سنوات حتى تدشين عمليات الإنشاء في مايو
2005 بقرض تنموي من هيئة التعاون الدولي اليابانية.
- في عام 2006 بدأ إنشاء مركز ترميم الآثار بهدف ترميم وصيانة القطع الأثرية المقرر عرضها داخل المتحف وإعادة تأهيلها.
- في يونيو 2010 افتتحت سوزان مبارك قرينة الرئيس السابق حسني مبارك مركز الترميم ومحطتي الطاقة الكهربائية وإطفاء الحريق بمشروع المتحف المصري الكبير بعد الانتهاء من المرحلتين الأولى والثانية من المشروع.
- توقف العمل في المتحف بعد ثورة 25 يناير2011 لكن في عام 2014 أعاد الرئيس المصري عبد الفتاح السيسي العمل بالمشروع.
- صدر قرار من مجلس الوزراء عام 2016 بإنشاء وتنظيم هيئة المتحف المصري الكبير قبل أن يصدر القانون رقم تسعة لعام 2020 بإعادة تنظيم هيئة المتحف كهيئة عامة اقتصادية تتبع الوزير المختص بشؤون الآثار.
- في يناير 2018 جرى نقل تمثال الملك رمسيس الثاني إلى موقع المتحف ليكون أول قطعة أثرية تستقر داخله.
- اكتملت أعمال تشييد المتحف في 2021 على مساحة نحو 500 ألف متر مربع بما يشمل بهو المدخل والدرج العظيم، وقاعات الملك توت عنخ آمون، ومتحف الطفل، والمباني الأمامية الخدمية، وأنظمة التذاكر والتأمين والمراقبة ومناطق انتظار السيارات.
- بدأ التشغيل التجريبي للمتحف الذي صمم لاستيعاب أكثر من 100 ألف قطعة أثرية في 16 أكتوبر 2024.
- في 25 فبراير 2025 قررت الحكومة المصرية إقامة حفل افتتاح رسمي للمتحف في الثالث من يوليو بحضور قادة وزعماء العالم لكن اندلاع صراع عسكري بين إسرائيل وإيران أدى إلى توتر سياسي إقليمي مما دفع السلطات المصرية لتأجيل الحفل حتى الأول من نوفمبر.
